パッケージエクスプローラーとナビゲータービュー

Eclipseでは幾つかのウィンドウが開いていますが、これらのウィンドウはビューと呼ばれます。
現在開いているビューで右端にあるビューはパッケージエクスプローラーと呼ばれるJavaを開発する時に最も使用頻度の高いビューです。
このビューは主にソースフォルダとその下にあるソースファイルを表示します。
これはワークスペースの下にあるプロジェクトフォルダとほぼ同じ構成になっていますが、幾つか表示が省略されているビューです。

省略されているファイルなども見たい場合はナビゲータービューを使います。
デフォルトではナビゲータービューは表示されていませんので、メニューバーから[ウィンドウ]-[ビューの表示]-[ナビゲーター]を選択してください。
すると、Windowsのエクスプローラーのようにプロジェクト配下のファイルをEclipse上で確認できます。

パッケージエクスプローラーで表示されていなかったファイルやフォルダがあると思います。
まず、binフォルダですが、ここにはソースフォルダと同じパッケージ構成が自動的に作成され、中間バイトコードであるクラスファイルが格納されます。

尚、.classpathと.projectにはEclipseで使用しているプロジェクトの基本情報が格納されているので直接ファイルを編集したり削除したりしてはいけません。