結局、StAXのパーサが環境によって異なる位置情報を返す問題は、同梱されている実装クラスが異なりどうにもならない、という結論に達しました。少なくともJava6に同梱されている実装（sum実装）ではうまく動かないのでどうにもならないです。なので書き直す…